Los temas estratégicos de PROTOS constituyen el hilo conductor de cada programa regional de PROTOS.  Forman el núcleo para el fortalecimiento de las capacidades de las comunidades y autoridades locales; este es el resultado más importante que queremos alcanzar, además de las obras de infraestructura.

Estos temas estratégicos son:

• la Gestión Integrada de los Recursos Hídricos (GIRH) como marco de referencia;
• aproximarse a una participación de todos los actores locales: un enfoque multi-actores;
• una responsabilidad fuerte de parte de los usuarios del agua;
• reconocimiento de “La atribución local de responsabilidades en los procesos de desarrollo” (maîtrise d´ouvrage);
• articulación entre agua potable, higiene y saneamiento;
• atención al desarrollo institucional para la sostenibilidad;
• agua y género.